La historia de Ayyappan empieza con la boda de Datta y Lila. Datta pronto renunció a Lila, maldiciéndola para que naciera como Mahishi, una diablesa con cabeza de búfalo.
Mahishi practicó un rígido ascetismo y los dioses le concedieron poderes sobrenaturales; los dioses determinaron que pudiese ser sólo liberada de la maldición por un niño nacido de dos machos, que había vivido doce años como mortal. Con sus nuevos poderes,Mahishi venció a los dioses y gobernó el universo. Ayyappan nació de la unión de Siva y Visnú. Como ambos padres eran machos, Visnú asumió una forma femenina para concebir. Como resultado, Ayyappan llegó a ser conocido como Ayonijatan («no nacido de genitales femeninos»). El pequeño Ayyappan fue encontrado abandonado a la orilla de un río por un rey. Vivió doce años como heredero al trono hasta que la reina tuvo un hijo propio y se puso celosa del advenedizo. Fingiendo estar enferma, mandó a Ayyappan a la selva a buscar leche de leopardo, esperando que le matasen las fieras. Ayyappan se encontró con Mahishi en la selva y la mató, liberando así a Lila. Luego volvió a palacio montado sobre un tigre, acompañado por leopardos, símbolos de su victoria sobre las fuerzas oscuras de la selva.