Set se había proclamado rey, e Isis, ahora con su pequeño hijo Horus, se ocultó. Cuando Horus llegó a la edad viril, desafió a su malvado tío Set para recobrar el trono de su padre. Las diferentes batallas que ambos protagonizaron, conocidas como las Contiendas de Horus y Set, figuran e ilustran largos textos y relieves de los muros del templo de Horus en Edfu -uno de los templos mejor conservados y completos del antiguo Egipto-.
En las tallas de los dos dioses luchando entre sí, Set suele ser representado como un pequeño hipopótamo macho que está siendo herido con la larga lanza de Horus. (Mientras que el hipopótamo macho era la personificación del mal en el antiguo Egipto, la hembra, en cambio, se asociaba con la diosa Taurt y era muy venerada por las mujeres como protectora de los partos.)
En un determinado momento, cuando Set encontró a Horus dormido en el desierto (que era el dominio de Set), le cegó los ojos, que en mitología representan al sol y la luna. No obstante, la diosa Hathor (asimilada a Isis a menudo en la mitología egipcia tardía) le devolvió la vista bañando los ojos dañados con leche de gacela.
El ojo de Horus (el udjat) se convirtió en uno de los amuletos protectores más poderosos de Egipto; los niños lo llevaban al cuello o en un brazalete y engastado en bellas alhajas, como por ejemplo en la que se halló en la momia del joven faraón Tutankamón.
Al final, los dioses se cansaron de sus continuas luchas, y Horus y Set fueron conducidos ante el Consejo de los Dioses para exponer su caso y que éstos, presididos por Ra, dirimieran el caso en favor del uno o del otro. La causa llevó varios años. Las decisiones fueron revocadas en varias ocasiones, hasta que primero Set y después otros dioses profirieron amenazas terribles; no fue a la zaga Osiris, que alegó que, si no se fallaba rápidamente en favor de su hijo Horus, soltaría a sus crueles mensajeros con cabeza de perro, que no temían a ningún dios. Los dioses fallaron finalmente en favor de Horus como rey legítimo.
Su padre, Osiris, cuyo cuerpo hecho pedazos había sido embalsamado por el dios con cabeza de chacal Anubis, fue confirmado como dios de los muertos. Set fue desterrado al desierto, ámbito del mal, y declarado dios de las tormentas. En adelante, al faraón reinante se lo reconoció como dios Horus sobre la tierra y a su muerte pasaba a ser dios entre los dioses.
Un amuleto con el ojo de Horus, el udjat, hecho de cerámica vidriada, puede que fuera llevado con el objeto de preservar la salud y la fortuna de su portador.