En Heliópolis, Ciudad del Sol, Atón estaba a solas sobre un duna que había emergido de las Aguas primordiales de Nun, que cubrían el mundo (como ocurría en la inundación del Nilo). Cuando se dio cuenta de que necesitaba de otros dioses para que lo asistieran en la creación, se masturbó y del semen surgieron otros dos dioses: Shu, dios del cielo, y Tefnut, su hermana, diosa de la humedad. Sus hijos fueron Geb, dios de la tierra, y Nut, diosa del cielo (dichas relaciones, matrimonios consanguíneos, normalmente rechazados por incestuosos en el mundo moderno, no eran infrecuentes en la mitología antigua). En los papiros, Nut aparece arqueada sobre Geb, y Shu los separa a sus respectivas esferas. Geb y Nut tuvieron cinco hijos: Osiris, Isis, Horus el Viejo, Set y Neftis -nacidos en cinco días consecutivos, fuera del calendario normal de 360 días.
Ocurrió (y ello se refleja en la mitología clásica) a causa de una profecía según la cual los hijos de Nut sobrepasarían en poder a Atón-Ra (al igual que los hijos de Cronos, por medio de Rea, desbancarían a su padre). Al haber nacido en jornadas que no figuraban en el calendario, quedó resuelto el problema de la maldición de que Nut no alumbraría en ningún día del año.