En Menfis, la tradicional capital de Egipto desde la I Dinastía (h. 3100 a. C), la principal deidad era el dios creador Ptah. Según cuenta la leyenda, Ptah precedió a Atón, ya que fue él quien formó el corazón y la lengua del segundo. Ptah fue especialmente venerado como dios de los artesanos y trabajadores manuales, y entre sus muchas advocaciones figuraba la de "padre y madre de todos los dioses".
Una tercera leyenda relativa a la creación se localizaba en Hermópolis, un apreciado centro de culto del dios Thot. Se lo solía representar con la cabeza de un ibis, y el mandril era un animal muy querido por su carácter sagrado y por que se lo relacionaba con él. Era el dios de la sabiduría y el estudio, así como el inventor de los jeroglíficos, vocablo que significaba literalmente "escritos sagrados". Era especialmente el dios tutelar de los escribas y también guardaba relación con la luna.
Una variante en torno a la leyenda de la creación expone que fue en Hermópolis y no en Heliópolis donde el túmulo primordial emergió de las Aguas de Nun. De un huevo apoyado en el túmulo surgió el dios solar. En otra versión alternativa, se dice que una flor de loto creció en el túmulo, y que sus hojas se abrieron para dar a conocer al joven dios de la creación, Nefertum.