La tarea de convertir a los indios con frecuencia fue difícil porque, fuera de las misiones, la vida de los aborígenes no cambiaba. Para que la conversión fuese eficaz era necesario aislar a los nativos de su cultura tradicional. En 1650, el misionero puritano inglés John Eliot llevó esta idea hasta extremos insospechados. En consonancia con los ideales de su comunidad -una colonia religiosa-, creó en Natick, al sur de Boston, un asentamiento «puritano rojo» para los conversos, que construyeron la población al estilo inglés, incluido el templo y la pasarela para cruzar el río. Los lugareños sustituyeron el liderazgo hereditario por representantes elegidos a la manera inglesa y prohibieron prácticas nativas como la poligamia, las migraciones estacionales y las curas chamánicas.
Esta idea se extendió rápidamente por el litoral y se fundaron otras veinte «ciudades de la oración». Sólo existieron hasta 1675, en que estalló la devastadora guerra entre puritanos y la alianza de wampanoags y narragansets.