El Shinto, la religión nativa japonesa, está estrechamente relacionado con su mitología. Muchos de sus santuarios están dedicados a deidades que aparecen en los mitos, ya que se creía que el estado histórico de Japón y su prosperidad eran producto de la intervención divina de Amaterasu. Aunque carece de una teología elaborada, el Shinto se ocupa de la relación entre el mundo natural y sus habitantes. A través de rituales de purificación intenta mantener un equilibrio que es vital para la armonía entre el mundo natural y el humano.
El concepto de kegare (contaminación ritual) era muy importante en épocas antiguas y recuerda a la idea del tabú de otras culturas. Cualquier acontecimiento -ya sea nacimiento o muerte, construcción de una casa, caída de un árbol, matanza de animales- que altere el equilibrio se consideraba cargado de un poder tremendo que debía ser contenido y purificado. Además de los rituales regulares de purificación en los santuarios, había un tipo especial de gente que se creía con poder espiritual suficiente para hacer frente a estos hechos. Respetados inicialmente por su papel vital en la sociedad, su estatus se redujo drásticamente en tiempos medievales y acabaron siendo considerados eta o parias. Sus descendientes aún están marginados en el Japón actual.