Sus padres tenían tantas ganas de tener una criatura que suplicaron a los dioses que les diera un hijo, aunque fuera tan diminuto como la punta de un alfiler. Tras estos ruegos nació Issun Boushi, un niño en miniatura pero con mucho coraje.
A los quince años viajó a Kioto llevando consigo un cuenco de arroz, un palillo y una aguja. Viajó por el río usando el cuenco como barca y el palillo como remo. Cuando llegó a su destino trabajó en una casa noble, convirtiéndose en un hombre de con fianza.
Un día acompañó al templo a la hermosa hija de la familia, pero en el camino sufrieron el ataque de dos gigantescos onis. Issun Boushi se enfrentó a ellos consiguiendo que la joven pudiera escapar. Uno de los demonios se lo tragó de un bocado, pero él sacó la aguja y se la clavó en el estómago. Trepó rápida mente y al llegar a la boca, el oni lo escupió. El otro demonio también arremetió contra él pero le sacó el ojo con su diminuta espada. Los demonios huyeron, dejándose olvidado un martillo mágico. Issun Boushi y la joven golpearon el suelo con la maza expresando a la vez un deseo.
El pequeño Issun Boushi creció hasta un tamaño normal y se encontró convertido en un samurai. La boda no tardó en celebrarse.
El nombre Issun Boushi significa «un niño de 3,3 cm de estatura»: el sun es una unidad de longitud equivalente a dicha medida; Issun significa «un sun» y boushi equivale a «niño».