La pareja primordial
En los inicios, cuando la tierra era joven y no estaba completamente formada (el Kojiki dice que «parecía aceite flotante e iba a la deriva, como una medusa»), cobraron vida tres dioses invisibles en lo que los japoneses denominan Takamagahara, o las «Elevadas Llanuras del Cielo». El mayor se llamaba Amanominakanushi-no-kami, o «Señor del Centro del Cielo», e iba seguido por Takamimusubi y Kamimusubi, ambos poderosos kami por derecho propio.
Estos tres, junto con dos divinidades menores (Umashiashikabihikoji-no-kami y Amanotokotachi-no-kami), constituían las cinco «Deidades Celestiales Separadas» primordiales. Les siguieron otras siete generaciones de dioses y diosas «celestiales», que culminaron en la pareja primordial, Izanagi y su hermana y esposa Izanami, cuyos nombres completos eran Izanagi-no-Mikoto («El Varón Augusto») e Izanami-no-Mikoto («La Mujer Augusta»),
Obedeciendo la orden de las deidades de «terminar y solidificar esta tierra movediza», Izanagi e Izanami se situaron en el Puente Flotante del cielo (quizá un arco iris) y agitaron el mar con una lanza recubierta de gemas. Al levantar la lanza, las gotas formaron una isla llamada Onogoro, la primera tierra sólida. Poco después descendieron a ella, erigieron una columna «celestial», construyeron un palacio y decidieron procrear.
Izanagi le preguntó a su hermana cómo estaba formado su cuerpo, y ella contestó que le faltaba una parte mientras que Izanagi dijo que a él le sobraba una parte y sugirió que las uniesen. La pareja divina inventó un ritual matrimonial que consistía en que ambos rodeaban la columna celestial, Izanagi por la izquierda y su hermana por la derecha, y al encontrarse intercambiaban cumplidos y mantenían relaciones sexuales.
Al cabo del tiempo Izanami dio a luz, pero su primogénito fue el deforme [iruko («Niño-Sanguijuela», a quien la desgraciada pareja metió en una barca de juncos que confió al mar. En una «gran adivinación», los dioses llegaron a la conclusión de que el nacimiento del niño-sanguijuela a culpa de Izanami, porque en el ritual de cortejo había hablado la primera.
Con este conocimiento (que ha servido hasta el día de hoy para legitimar las desigualdades sexuales en el Japón), la pareja regresó a Onogoro y volvió a poner en práctica el ritual. En esta ocasión Izanagi habló el primero cuando ambos se encontraron en la columna, e Izanami tuvo muchos hijos. En primer lugar dio a luz una serie de islas (el archipiélago japonés), después a una serie de dioses y diosas, entre ellos los del viento, las montañas y los árboles, pero cuando nació Kagutsuchi (o Homusubi), dios del Fuego, sus genitales se quemaron de tal manera que enfermó y murió. Sin embargo, Izanami siguió engendrando deidades en plena agonía, en las heces, la orina y los vómitos, Izanagi lloró su muerte, inconsolable, y de sus lágrimas surgieron más deidades.
Más adelante, su tristeza se convirtió en cólera y decapitó al dios del fuego por ser el culpable de la muerte de su amada esposa. De los restos del dios del Fuego nacieron más divinidades. Izanagi decidió ir a Yomi, el reino subterráneo de los muertos, para intentar devolverle la vida a Izanami. Cuando ésta vió en la entrada de Yomi, con su sudario de sombras, Izanagi la saludó con cariño y le rogó que volviera con él. Izanami accedió a discutir su petición con los dioses del inframundo y antes de tentarse a la oscuridad pidió a Batido que no la mirase, pero a Izanagi le consumía un deseo tan ardiente ver a su amada esposa que rompió un diente de la peineta que llevaba el moño izquierdo y le prendió fuego, a modo de antorcha. Entró en la tierra de los muertos y vio que Izanami era un cadáver putrefacto, cubierto de gusanos. Aterrorizado, huyó de aquel lugar, pero Izanami, encolerizada al ver que Izanagi había contrariado sus deseos, envió en su busca a las «brujas de Yomi», a las ocho deidades del trueno y a una horda de guerreros. Al llegar al paso de Yomi, que llevaba a la tierra de los vivos, Izanagi encontró tres melocotones y se los arrojó a sus perseguidores, obligándoles a retroceder. Izanami, convertida en un ser demoníaco, se unió a la persecución pero antes de que diera alcance a Izanagi, éste cerró el paso con una enorme roca. Los dos se vieron frente a frente, a ambos lados de la roca, y «rompieron su compromiso».
Izanagi se sentía sucio por su experiencia en Yomi y decidió purificarse de una forma típicamente japonesa: con un baño. Al llegar a un arroyo de Hyu-ga (al noroeste de Kyushu) se desnudó. De sus ropas nacieron varios dioses y diosas y surgieron otras mientras se bañaba. Por último, Izanagi dio a luz a las tres divinidades más importantes del sintoísmo: la diosa del sol, Amaterasu-no-mikoto (literalmente «Augusta Persona que Hace Brillar el Cielo») apareció cuando se lavó el ojo izquierdo; Tsuki-yomi-no-mikoto («La Augusta Luna») apareció de su ojo derecho, y Susano-no-mikoto («El Augusto Varón Colérico»), de su nariz. Izanagi decidió dividir el reino entre sus tres hijos: le dio su sagrado collar, símbolo de soberanía, a Amaterasu, con el mandato de que gobernase las Elevadas Llanuras del Cielo; a Tsuki-yomi, dios de la luna (en la mitología japonesa la luna se considera masculina), le confió los reinos de la noche y al otro hijo, Susano, el océano.
Amaterasu y Tsuki-yomi aceptaron sus tareas obedientemente, pero Susano se puso a llorar y a aullar. Izanagi le preguntó la causa de su aflicción y Susano contestó que no quería gobernar las aguas sino ir a la tierra en la que vivía su madre, Izanami. Encolerizado, Izanagi desterró a Susano y a continuación se retiró, tras haber terminado su misión divina. Según una versión del mito, subió al cielo, donde vive en el «Palacio Más Joven del Sol». Se dice que esa encerrado en Taga (prefectura de Shiga, Honshu).