En un principio, los yayoi estaban agrupados en clanes poco relacionados entre sí, con territorios independientes. Este pueblo y sus descendientes mantuvieron estrechos contactos con Corea y el continente hasta el siglo VII d. C. Los relatos más antiguos de Japón sobreviven en los anales históricos chinos a partir del siglo I d. C., mencionando los nombres de varios "reyes" o jefes de clan. No obstante, hacia el siglo III d. C., un proceso de conquista y consolidación de estos pequeños territorios separados llevó a la emergencia del estado único de Yamato, que incluía el sur de Honshu y Shikoku. El linaje del emperador actual del Japón puede ser rastreado hasta los primeros jefes legendarios de Yamato.
Buena parte de la mitología japonesa que ha sobrevivido se refiere a los antepasados divinos de estos primeros gobernantes, tal como está registrado en el Nihon-shoki y el Kojiki, crónicas escritas durante el siglo VIII d. C. Cabe suponer que esta mitología estaba vinculada en origen a los yayoi, y que incluso pudo haber formado parte de su cultura incluso antes de su llegada a Japón.