Es poco probable que los mitos japoneses que han sobrevivido sean anteriores a la cultura jomon, y tampoco está claro lo que persiste de su mitología. No obstante, parece haber una separación entre la mitología principal que vincula los gobernantes de Japón con las Altiplanicies del Cielo, centrada en Amaterasu, y la colonización de Japón por Susa-no-o y sus descendientes en el ciclo Izumo. De igual forma que los yayoi subyugaron a la antigua civilización jomon, Okoni-nushi y su clan en Izumo fueron subyugados por Amaterasu y sus dioses, cuyo culto se centra en Ise y la península Kii. No obstante, hay que hacer notar que el santuario principal en honor de Izanagi e Izanami está situado en la región de Izumo.
Además, los mitos japoneses suelen estar relacionados con lugares específicos en el país. Existe incluso un lugar en la prefectura de Nara, llamado Takama-ga-hara, la Altiplanicie del Cielo, cerca de Ise, en la vecina prefectura de Mié, así como un Puente Flotante del Cielo, cerca de Kyoto. En otra parte está la cueva en la que Amaterasu se ocultó, la playa donde Okuninushi se encontró con Sakuna-bikona, etc. Esto hace pensar que muchos mitos japoneses se refieren a personas reales que se desplazaron por Japón tras su llegada del continente.