Las hazañas más famosas de Heracles se sistematizaron finalmente en el relato de los Doce Trabajos. Según la versión más extendida del mito, Hera provocó en Heracles un acceso de locura, en el transcurso del cual el héroe mató a su esposa e hijos. El oráculo de Delfos le dijo que, en penitencia, debía servir a Euristeo, rey de Tiro, durante doce años. Euristeo le impuso doce penosas tareas, que se narran más adelante. Las seis primeras tuvieron lugar en el Peloponeso.
1. El león de Nemea. Heracles fue a Nemea con la misión de matar un monstruoso león cuya piel no podían atravesar las armas normales. El héroe fabricó un gigantesco bastón con el que golpeó al animal; después lo estranguló y le cortó la piel con sus garras. Se la puso y se hizo invulnerable.
2. La hidra de Lerna. Heracles tenía que matar a esta serpiente de agua, de nueve cabezas, que vivía en un pantano cerca de Lerna, pero cada vez que le cortaba una cabeza crecían dos más en su lugar. Por último le ayudó Yolao, hijo de su hermanastro Ificles, que cauterizó cada cuello decapitado con una antorcha y así impidió que nacieran más cabezas.
3. La cierva de Cerinia. Esta bestia con pezuñas de bronce y cuernos de oro vivía en el monte Cerinia y estaba consagrada a Artemisa. Heracles debía capturarla intacta o incurriría en la ira de la diosa. Tras un año de perseguirla la hirió y se la llevó a Euristeo, a quien culpó de las heridas, con lo que evitó la cólera de Artemisa.
4. El jabalí de Erimanto. Un jabalí monstruoso asolaba la región del monte Erimanto y se ordenó a Heracles que lo capturase vivo. Cuando se dirigía allí derrotó a los Centauros. Regresó al reino de Euristeo con el jabalí, que aterrorizó de tal modo al rey que lo escondió en una urna de bronce.
5. Los establos del rey Augias. Augias, hijo de Helios, poseía numerosos rebaños pero nunca se limpiaban los establos, que rebosaban de estiércol. Heracles recibió la desagradable tarea de limpiarlos en un solo día y lo logró haciendo pasar los ríos Alfeo y Peneo por los edificios.
6. Las aves del Estinfalo. En el lago Estinfalo, de la Arcadia, vivía una bandada de aves monstruosas con pico, garras y alas de hierro que devoraban a los seres humanos y a las que Heracles debía destruir. Las asustó tocando unas castañuelas de bronce, emprendieron el vuelo y las abatió una a una con su arco.
7. El toro de Creta. Un toro gigantesco aterrorizaba a las gentes de la isla de Creta y Heracles lo capturó por orden de Euristeo y lo llevó vivo a Tiro.
8. Las yeguas de Diomedes. Heracles recibió la orden de capturar una manada de yeguas propiedad del tracio Diomedes, que las alimentaba con carne humana. El héroe lo mató y se lo dio de comer a las yeguas, a las que domó y llevó a Euristeo.
9. El ceñidor de Hipólita. Hipólita, reina de las belicosas Amazonas de Asia Menor, poseía un hermoso ceñidor que codiciaba la hija de Eurisreo. Heracles luchó contra las Amazonas, las venció, mató a Hipólita y le quitó el ceñidor a su cadáver.
10. Los bueyes de Geriones. Geriones, monstruo de tres cuerpos, vivía en el lejano occidente y tenía rebaños de bueyes, que guardaban un gigantesco boyero y sus perros. Heracles tomó prestada la Copa del Sol para navegar sobre Océano y llegar a la tierra de Geriones. Mató a éste, al boyero y a la jauría y regresó al reino de Euristeo con el ganado. Las Columnas de Heracles (estrecho de Gibraltar) señalan esta aventura de Heracles, la más occidental.
11. Las manzanas de las Hespérides. Las Hespérides eran ninfas del lejano occidente, hijas del Titán Atlas, y cuidaban un árbol que daba manzanas de oro. Heracles mató a Ladón, el dragón guardián del árbol, robó las manzanas y se las llevó a Euristeo.
12. Cerbero. La última tarea de Heracles consistió en llevar a Euristeo el feroz perro tricéfalo Cerbero, que defendía las puertas de los infiernos. El héroe entró allí, luchó con el can, se lo presentó a Euristeo y a continuación lo devolvió a los infiernos.