Tras el viaje con los Argonautas, Jasón regresó a Yolco con la hechicera Medea, personaje central del trágico epílogo de sus aventuras. El episodio corintio de la vida de Medea constituye la base de la tragedia del mismo nombre, de Eurípides.
Al llegar a Yolco, Jasón y Medea planearon la venganza por la muerte de Esón, el rey justo, padre de Jasón, al que había ejecutado Pelias. Medea convenció a las hijas de éste de que le convertiría en un hombre joven mediante un encantamiento, pero que para prepararlo para el rejuvenecimiento primero debían cortarlo y cocinarlo. Las hijas de Pelias accedieron al plan, mataron a su padre y cocinaron su cuerpo en trozos, y entonces Medea les mostró el engaño.
A pesar de la muerte del usurpador, Jasón no pudo ocupar el trono de su padre, porque la forma en que había muerto Pelias causó tal escándalo que Medea y él se vieron obligados a huir de Yolco. Fueron al Peloponeso y se establecieron en Corinto, donde tuvieron varios hijos.
Muchos años después, el rey de Corinto, Creonte, ofreció a Jasón el matrimonio con su hija por razones políticas. Jasón le propuso a Medea que se divorciasen y que emprendiera el exilio voluntariamente, pero Medea se enfureció ante semejante traición, envió unas túnicas envenenadas a Creonte y a su hija, futura esposa de Jasón, y ambos murieron entre terribles dolores.
Después, según Eurípides, les cortó el cuello a sus propios hijos para hacerle daño a su padre y escapó a Atenas triunfalmente, a bordo del carro de Helios, el sol, tirado por dragones, y en este momento termina la tragedia de Eurípides, mientras Jasón se queda tristemente en Corinto.
En Atenas, Medea se casó con el rey Egeo, padre del héroe Teseo, y tuvo un hijo, Medo. Medea quería que sucediera a su padre en el trono, y cuando Teseo, legítimo heredero de Egeo, llegó a la ciudad de vuelta de Trecén, Medea adivinó en seguida quién era e intentó deshacerse de él antes de que mostrase las señales de reconocimiento con las que debía revelar su identidad a su padre.
Medea convenció al rey de que el recién llegado, cuyas proezas camino de Atenas ya le habían granjeado la fama, quería deponerle, y planearon juntos asesinar a Teseo en un banquete que se ofrecería para celebrar que había capturado el toro salvaje de Maratón.
Medea puso veneno en el vino de Teseo, pero cuando el héroe estaba a punto de tomarlo Egeo le reconoció y derribó la copa. Al comprender la motivación de su esposa, la desterró para siempre de su reino y también a sus hijos.
Según ciertas versiones, después de morir, la hechicera fue a las Islas de los Bienaventurados, donde se casó con Aquiles, el gran héroe griego muerto en la guerra de Troya.