El mito babilónico sobre el diluvio tiene antecedentes sumerios, que sólo son conocidos a partir de textos fragmentarios que se refieren al héroe de estos sucesos, llamado Ziusudra, quien se salva del gran diluvio, guiado por los dioses siguiendo indicaciones secretas de Enki.
La versión babilónica empieza en tiempos en que los dioses menores están obligados a trabajar duramente para los dioses mayores, lo que al final da pie a una rebelión. Enki se ofrece a poner remedio al asunto y le pide a la reina madre que cree a un hombre que ha dellevar el yugo. Enlil dispone que maten a un dios y que su carne se mezcle con arcilla. Crea así siete parejas humanas y dicta leyes para regular la procreación. En lo sucesivo, será tarea de la humanidad el procrear y trabajar para los dioses.
Sin embargo, pasado algún tiempo, la humanidad llena el cielo y la tierra de griterío y ruido y altera la paz de los dioses. Enlil intenta poner término a ello enviando en primer lugar una plaga y después una hambruna para diezmar la población. Sus planes quedan frustrados por Enki, que advierte a Atra-hasis (el sabio por excelencia) para afrontar la amenaza con medidas pertinentes, como hacer ofrendas a los dioses de la salud y del grano. Enlil está indignado por el fracaso de sus medidas y decide lanzar un diluvio devastador para erradicar a la humanidad de una vez por todas. Obliga a los dioses a jurar fidelidad, pero Enki nuevamente vende su plan a Atra-hasis; para ello, se le aparece en un sueño donde habla a una pared de juncos. Le dice a Atra-hasis que construya un navío y embarque en él a su familia y varias especies animales. Cuando remita el diluvio, quedarán a salvo en la barca, mientras que los demás perecerán ahogados.
Los dioses se ven en grandes apuros, especialmente la diosa madre, que lamenta el sino de sus criaturas. Cuando cede el diluvio y Atra-hasis hace su primer sacrificio, Enlil está furioso, porque aquél ha estado intrigando de nuevo. Sin embargo, Enki hace notar que los dioses confían en la ayuda de la humanidad y que Enlil ha ido demasiado lejos. Le dice que refrene su ira y castigue a quienes lo merezcan, mientras que él mismo actuará para limitar la población. Enki dispone que existan mujeres estériles, categorías especiales de sacerdotisas sin descendencia, y regula la mortalidad infantil, personificada en un demonio raptor de niños. A Atra-hasis, como al héroe del diluvio sumerio Ziusudra, se le concede vida eterna.