Las tierras bajas tropicales de la zona amazónica nunca alcanzaron el nivel cultural de los Andes. Aunque no había grandes ciudades ni imperios que pudieran compararse a las culturas de chavín, mochica o inca, algunas zonas de la Amazonía estaban muy densamente pobladas en tiempos prehistóricos. Hacia el 2000 a.C, la alfarería estaba bien extendida, y entre el 400 y el 1300 d.C, en la isla de Marajó, en la desembocadura del Amazonas, se desarrolló una sofisticada cultura. Esta gente cultivaba maíz y mandioca, construía grandes casas-montículo y elaboraba urnas funerarias antropomórficas muy coloridas cuyas formas femeninas sugerían la importancia de la mujeres en la vida cotidiana y en la mitología.
No obstante, poco se sabe sobre la prehistoria de las tierras bajas. Se tiene más información sobre la enorme variedad de sociedades amerindias a pequeña escala que ocupaban la región cuando llegaron los europeos. Desde el Amazonas y el Orinoco hasta las praderas del Mato Grosso, vivían grupos de amerindios que se dedicaban a la caza, la recolección y la horticultura en entornos diversos.
La lengua, las costumbres, la religión, el arte y las casas variaban, pero todos ellos compartían una visión básica amerindia de un mundo animado por espíritus y controlado por los antepasados. En estas sociedades, solía haber poco espacio para una jerarquía social elaborada. Mandaban los jefes y los chamanes en lugar de los emperadores.