Suele subestimarse a la principal diosa de los Vanir, Freyja, hermana de Freyr, cuyo nombre significa «señora», porque la literatura resalta más a las deidades masculinas; pero se trata de una figura poderosa, venerada no sólo por las mujeres (que dejaron pocos testimonios), sino también por reyes y héroes. Compartía con los Vanir los símbolos del jabalí y el barco y se la vinculaba con el culto al caballo, aunque su carro iba tirado por gatos. Según cierta tradición, estaba casada con su hermano, algo habitual entre los Vanir. Circulaba el rumor de que concedía sus favores libremente a todos los dioses y aceptaba como amantes a reyes humanos, a quienes apoyaba durante su reinado y recibía tras la muerte. Se cuenta que Jarl Hakon, el último pagano que reinó en Noruega, era devoto de la diosa Torgerd, quizá la esposa de Freyr, Gerd, y podría identificarse a ambas con Freyja. Al igual que Freyr, se asociaba a Freyja con la riqueza: derramaba lágrimas de oro y poseía un hermoso collar, símbolo de la Gran Diosa de época muy anterior.
Otra figura que podría asimilarse a Freyja es la diosa Gefion, que transformó a sus cuatro hijos en bueyes y desprendió una porción de Suecia para formar la isla danesa de Zealandia. Los dos nombres de Freyja, Gefion y Gefn, derivan del término que designa «dar», y Freyja era una diosa que daba, que concedía fertilidad a la tierra y al mar y ayudaba en el matrimonio y el parto. Una parte de su culto la vincula con la conservación de la familia, otra con el desenfreno sexual y con la magia negra. En las sagas islandesas se recuerda un ritual conocido como seid en el que una mujer viaja por la tierra y contesta desde una elevada plataforma a las preguntas sobre el futuro que le plantean, algo que Freyja enseñó a los dioses.
Existen testimonios de que la diosa tenía sacerdotisas a su servicio, una de las cuales podría haber sido la mujer de alto rango enterrada en el barco de Oseberg, al sur de Noruega, en el siglo IX, con símbolos de fertilidad como manzanas y frutos secos y un espléndido carro procesional. Frigg, esposa de Odín, presenta muchos puntos en común con Freyja, y posiblemente ambas derivan de la diosa germánica Frea, de época anterior. Ambas podían viajar en forma de ave y se las describe como diosas que lloran (quizá lamentando el destino de hijos y amantes).
Un mito posterior sobre Freyja, probablemente elaborado por un narrador cristiano, cuenta cómo obtuvo su famoso collar, obra de cuatro artesanos enanos. Freyja lo deseaba e intentó comprarlo, pero el precio que pusieron los enanos consistía en que la diosa pasara una noche con cada uno de ellos, a lo que Freyja accedió con tal de poseer la joya. Loki se lo contó a Odín, y éste le ordenó que robara el collar. Loki entró en forma de mosca en la alcoba de Freyja mientras dormía, se transformó en pulga y la picó, obligándola a darse la vuelta en la cama, de modo que pudo abrir el broche y quitarle el collar. Al descubrir su ausencia, la diosa sospechó que era obra de Odín y le exigió que se lo devolviese. Odín accedió, a condición de que Freyja provocara la guerra entre dos poderosos reyes, algo que le convenía a Odín. A continuación, el relato desemboca en una de las grandes leyendas heroicas de la época vikinga.
La idea de diosas madres y deidades femeninas asociadas con lagos y arroyos especiales de la primera época en el norte de Europa se prolongó hasta la época vikinga. Algunas se transformaron en espíritus locales; otras fueron sustituidas por la Virgen María con la llegada del cristianismo. Los espíritus femeninos también prestaban ayuda en tareas propias de mujeres como tejer, fabricar productos lácteos y curar.
Varios grupos de espíritus femeninos pertenecientes a los Vanir estaban vinculados con la guerra. Los principales eran las Valquirias, que elegían a los muertos, enviadas por Odín para decidir el curso de la batalla y para llevar a los difuntos nobles al Valhalla. En la literatura de la época vikinga se las presenta como mujeres nobles armadas con lanzas que van a caballo, pero existe también una tradición de gigantas temibles que se aparecen en sueños como presagios de la muerte inminente, derraman sangre sobre la tierra y devoran hombres en la batalla o cabalgan sobre lobos en compañía de aves de presa. Aparecen con frecuencia rodeadas de cuervos, aves que se ceban en los cadáveres. Las Valquirias también presentan otro aspecto, el de espíritus protectores de la familia; en calidad de tales, amparan a los jóvenes príncipes, les dan nombre y espada, son sus esposas sobrenaturales, les enseñan la tradición bélica, los protegen en la guerra y los reciben en el túmulo cuando mueren. Existen múltiples nombres de Valquirias: los más sencillos significan «batalla», como en el caso de Hild, y muchos de ellos son invenciones poéticas, carentes de base mitológica.
También hay diosas individuales, de las que apenas se sabe nada, como Skadi, esposa de Njord, que lleva arco y esquíes, y Nanna (esposa de Balder), Sif (esposa de Tor) y Sigyn (esposa de Loki) son poco más que nombres. Todo parece indicar que Ran, casada con el dios del mar, recibía a los marineros ahogados en su palacio y era una personificación del océano, al igual que su esposo.
Suscitan mayor interés las Nornas, diosas o gigantas que decidían la suerte de los seres humanos y de los dioses. Visitaban las cortes reales para trazar el destino de los príncipes recién nacidos, y se las asociaba con el Manantial del Destino, el arroyo que discurre bajo el Árbol del Mundo, fuente del conocimiento secreto. En algunos casos se mencionan tres Nornas; en otros, un grupo mayor. También estaba muy extendido el culto a las Disir, diosas a las que, según la tradición, se ofrecían sacrificios, a veces humanos, en Upsala. Se cree que su principal festividad se celebraba en otoño, al comienzo del año nuevo, coincidiendo con el gran festival en honor de los dioses.