Uno de los episodios más famosos de los mitos sobre Teseo es la tragedia de Fedra, su segunda esposa, que narra Eurípides en su célebre obra Hipólito.
Tras la muerte de su esposa, la amazona Antíope, Teseo se casó con Fedra, una princesa cretense que, según ciertas versiones, era hermana de Ariadna. Hipólito, fruto de su primer matrimonio, ya era adulto, pero se negaba a mantener ningún contacto con Afrodita, diosa de la sexualidad, y prefería dedicar su tiempo a Artemisa, cazando en las montañas. Afrodita se enfadó ante semejante desprecio a su autoridad y planeó la caída de Hipólito, haciendo que Fedra se enamorase perdidamente de su hijastro.
Fedra trató de ocultar su pasión, pero su nodriza se lo contó a Hipólito, que huyó, asqueado. Fedra se suicidó, pero dejó una carta en la que acusaba a Hipólito de violación. Teseo encontró la carta y, con permiso de su divino padre, Posidón, lanzó una maldición sobre su hijo. Cuando Hipólito viajaba en su carro, un monstruo surgió del mar y asustó a los caballos, que lo arrastraron hasta que murió.
Llevaron el cadáver de Hipólito a su padre, que se enteró de la inocencia de su hijo por mediación de Artemisa, y con la bendición del héroe, la diosa estableció un culto en honor de Hipólito.