Afrodita tuvo varios hijos en sus numerosas aventuras. Entre los más destacados figuran los siguientes:
ENEAS, hijo del príncipe troyano Anquises, a quien sedujo (y aterrorizó) cuando éste era pastor. La diosa protegió a Eneas en la guerra de Troya, y tras la derrota, el caudillo huyó para fundar Roma.
EROS («deseo»), el dios alado que en muchos casos acompaña la imagen de Afrodita. Según algunas versiones, es hijo suyo, pero su ascendencia suponía un gran problema para los griegos. Algunos atribuyen la paternidad a Ares. Normalmente se le representa con arco y flechas.
HERMAFRODITO, hijo de Hermes y Afrodita. Lo amaba Salmacis, una ninfa acuática. Él intentó eludirla, pero cuando se sumergió en el arroyo en el que vivía la ninfa, ésta le abrazó hasta que se fundieron. Mientras agonizaba, rogó que cuantos entrasen en aquel arroyo adquiriesen atributos masculinos y femeninos, y de aquí deriva el término «hermafrodita».